Mrs. Brisby, weduwe van Jonathan, moet met haar gehele muizenfamilie verhuizen, wanneer het voorjaar aanbreekt en de boer Fitzgibbons het land, waarin...
Mrs. Brisby, weduwe van Jonathan, moet met haar gehele muizenfamilie verhuizen, wanneer het voorjaar aanbreekt en de boer Fitzgibbons het land, waarin hun nest ligt, gaat omploegen. Haar zoon Timothy is ernstig ziek en mag niet naar buiten. Mrs. Brisby zoekt naar een oplossing. Jeremy, de kraai, brengt haar naar de Grote Uil, die voor alles raad weet. Uilen echter eten muizen en Mrs. Brisby is doodsbang de Grote Uil op te zoeken. Ze wordt gerust gesteld, wanneer ze hoort, dat uilen alleen bij donker muizen eten. De Grote Uil raadt haar aan naar de ratten te gaan, die onder de rozenstruik van boer Fitzgibbons huizen. Hoewel de ratten en muizen gezworen vijanden zijn, zegt de Grote Uil, dat de ratten haar zullen helpen uit dankbaarheid tegenover haar overleden man Jonathan, die de ratten bevrijd heeft uit het Nationaal Instituut Mentale Hygiëne, waar de ratten aan verschrikkelijke wetenschappelijke proeven werden onderworpen. Deze ratten zijn door verschillende proeven buitengewoon intelligent geworden. Mr. Ages, 'n oudere muis en apotheker van beroep, brengt Mrs. Brisby naar Nicodemus, de leider van de ratten van Nimh. De ratten slagen erin het huis van Mrs. Brisby in veiligheid te brengen.
