Ash gaat verder met zijn opdracht om 's werelds grootste Pokémon trainer te worden, samen met zijn beste vriend Pikachu. Tijdens hun reis vinden ze het ei van Manaphy, en zijn beschermer, Pokémon Ranger Jack "Jackie" Walker. Jackie's missie is om het ei te beschermen voor de Phantom Pirate. Ash en zijn vrienden helpen hem daarbij, en proberen het ei terug te brengen naar de Sea Temple.
