De Hensons gingen in 1986 uit elkaar, maar bleven wel gewoon samenwerken. Jane heeft zich veel beziggehouden met het ontwerp van de poppen en daarnaast was ze ook vaak poppenspeler. Ook had ze een scherp oog voor nieuw talent.
Henson overleed uiteindelijk na een langdurige strijd tegen kanker. Van haar vijf kinderen zijn er twee werkzaam binnen de Jim Henson Co.