Godzilla: Monster Planet speelt zich af in de verre toekomst, waarin de mensheid noodgedwongen haar toevlucht tot de ruimte heeft genomen. Dit omdat Godzilla en soortgelijke Kaiju het leven op Aarde onmogelijk hebben gemaakt voor de nietige mensjes. Tussen de sterren verging het de mens echter niet veel beter en na 20.000 jaar keert men terug naar de Aarde, in de hoop dat die wellicht wederom bewoonbaar is. De knul Haruo zag destijds hoe Godzilla zijn ouders doodde en is uit op wraak. Maar als hij terugkeert naar een totaal onherkenbare Aarde met een ecosysteem waar Godzilla aan de top staat, is er dan nog hoop voor de mensheid? En zal Haruo zijn wraak krijgen?
