Bryan Singer heeft aangekondigd dat hij X-Men 3 niet zal regisseren. De 38-jarige Amerikaan zal de film wel mede produceren. Singer zal door deze stap waarschijnlijk wel de regie van Logan's Run kunnen doen, de remake van de gelijknamige science-fiction film uit 1976.

Er werd al rekening gehouden met het vertrek sinds bekend werd dat Singer regisseur McG vervangt voor de nieuwe Superman film, die tegenwoordig bekend is onder de naam Superman Returns.

X-Men producer Lauren Shuler Donner maakte overigens bekend dat Wolverine hoogstwaarschijnlijk terugkeert in het derde deel, en dat het script herschreven gaat worden om aan de eisen van Halle Berry tegemoet te komen. De actrice dreigde niet mee te werken aan X-Men 3 omdat haar personage Ororo Munroe (Storm) een te kleine rol zou hebben.