Een half jaar nadat Bryan Singer het project had verlaten, heeft de derde film in de X-Men reeks eindelijk een nieuwe regisseur: Matthew Vaughn. Singer verliet destijds X-Men 3 om tijd vrij te maken voor het regisseren van de nieuwe Superman film.

Vaughn, getrouwd met Claudia Schiffer, was producer van onder andere Lock, Stock and Two Smoking Barrels en Snatch, en regisseerde vorig jaar Layer Cake.

X-Men 3 staat gepland voor mei 2006. Hugh Jackman, Famke Janssen, Patrick Stewart, Ian McKellen, Alan Cumming keren allen terug. De deelname van Halle Berry is echter nog steeds niet zeker, zij wil nog altijd dat haar personage Storm meer aandacht moet krijgen.

[eng]"I have not read the script. All I have asked, is that if I come back as Storm, she need to be closer to the comic book. So, if they have in fact written her closer to the comic book character, then I'm in. If not, I'm out. I hope I'm in though. I love Storm, and really want to be part of the last film."[/eng]