Sinds J.J. Abrams besloten heeft om Star Wars: Episode VII te regisseren, wordt er gespeculeerd over wie dan Star Trek 3 zal regisseren. De voornaamste kandidaat zou Joe Cornish zijn, maar hij heeft schijnbaar besloten verstek te laten gaan. Waarom precies is niet duidelijk.

Begin november werd Cornish genoemd als regisseur voor de film, tegelijk met Rupert Wyatt en Jon M. Chu. Vervolgens liet Abrams weten te hopen dat Cornish van Star Trek 3 zijn eerstvolgende project zou maken. Blijkbaar was Cornish daar niet zo van onder de indruk.

Het is niet bekend wie de andere kandidaten voor de regiestoel zijn. Toch zal die beslissing niet ver in de toekomst liggen. Paramount heeft nog geen begindatum voor de productie aangekondigd, maar naar verluidt ligt die ergens in 2014. De film moet hoe dan ook op tijd af zijn voor de vijftigste verjaardag van de franchise in 2016.

Op dit moment werken Roberto Orci, J.D. Payne en Patrick McKay aan het scenario.