Hoewel de voornaamste castleden van G.I. Joe: The Rise of Cobra hoogstwaarschijnlijk terug zullen keren voor de sequel, geldt dit niet voor regisseur Stephen Sommers. Het kan goed zijn dat hij andere projechten interessanter vindt of dat hij gewoon geen zin heeft in een sequel. Ook zou het zo kunnen zijn dat Paramount niet met Sommers verder wilde. Hoe de verklaring ook luidt, het is wellicht beter dat er een nieuwe regisseur aan boord komt aangezien de sequel volgens hoofdrolspeler Channing Tatum "compleet anders" gaat worden.
Paramount denkt nu natuurlijk druk na over een opvolger en dankzij Latino Review circuleert er nu een lijstje rond met drie namen: Jaume Collet-Serra (Orphan), F. Gary Gray (Law Abiding Citizen) en Jon Chu (Step Up 3D).
De nog onbetitelde sequel moet hoogstwaarschijnlijk in de zomer van 2012 in de bioscoop verschijnen.