Regisseur Shawn Levy krijgt de eindverantwoordelijkheid over de film The 39 Clues. De regisseur vervangt Brett Rattner en Steven Spielberg, die in een eerder stadium bij het project betrokken waren.

The 39 Clues is gebaseerd op een reeks boeken en gaat over twee kinderen die ontdekken dat ze deel uitmaken van de bekendste familie in de geschiedenis, met onder andere Napoleon en Houdini. Ze besluit op een ontdekkingstocht te gaan op zoek naar 39 clues, ingrediënten om een middeltje te maken dat tot de meest machtige persoon in de wereld moet leiden.

Shawn Levy regisseerde eerder films als Night at the Museum en onlangs nog Real Steel en heeft dus veel ervaring met films voor/met kinderen. Onduidelijk is of Levy direct met dit project aan de slag gaat of dat hij eerst de komedie Interns gaat maken.