Wie het eerste deel van X-men heeft gezien weet vast nog wel dat het begint met een jonge Magneto die moeite heeft om het hek van het concentratiekamp los te laten, in die periode gaat de spinoff X-men Origins: Magneto zich afspelen. Dat was natuurlijk al een paar jaar bekend maar nu is globaal de rest van het plot ook duidelijk.

Het is niet helemaal trouw aan de strips maar in het kort gaat het over Magneto die dus in een concentratiekamp zit en Xavier als geallieerde soldaat. Na de oorlog komen de twee elkaar tegen, raken ze bevriend en merken ze dat ze beide speciale krachten hebben. Verschil van mening over hoe ze die krachten moeten gebruiken verandert ze uiteindelijk in vijanden.

Regisseur David S. Goyer (The Dark Knight) heeft het script voor X-men Origins: Magneto geschreven en gaat de film ook regisseren. Wie Magneto of Xavier gaat spelen is nog altijd onduidelijk.