Paddington woont alweer een aantal jaar bij de familie Brown. De kinderen zijn al bijna jongvolwassen. Moeder Mary maakt zich zorgen over het onvermijdelijke lege nest nu dochter en zoon steeds meer hun eigen leven leiden. Maar dan komt er een verontrustend bericht uit Paddingtons thuisland Peru. Voor een 'laatste familieavontuur' reizen de Browns af naar de Peruaanse jungle, waar ze oog in oog komen te staan met gekke schurken, rode stekelige plantjes en zingende nonnen. Paddington in Peru is net als zijn voorgangers een droogkomische, tikkie maffe en hartverwarmende film voor kleine én grote kinderen.
Paddington heeft voor het eerst een paspoort, hij is nu officieel een Britse beer. Dat reisdocument had op geen beter moment moeten komen nu de familie op stel en sprong naar Peru vertrekt. Het gaat niet goed met Tante Lucy. De berin die Paddington vond toen hij nog een welpje was en medeverantwoordelijk is voor zijn liefde voor Londen, mist Paddington zo vreselijk dat ze depressief is geworden. Althans, dat staat in de brief die moeder-overste hem stuurt vanuit het tehuis voor bejaarde beren waar Lucy woont.
Wanneer de familie aankomt in het tehuis, is tante Lucy verdwenen. Dus gaan de Browns de jungle in op zoek naar Paddingtons. Het wordt een zoektocht die de familie van de ene in de andere absurde situatie brengt. Net als in de eerdere films over de beroemde beer met blauwe overjas en rode hoed, ligt Paddingtons enthousiaste onhandigheid vaak aan de basis daarvan. Zijn beleefdheid en broodjes marmelade zijn ook dit keer weer zijn belangrijkste wapen. Samen met zijn nieuwe Windsor-paraplu. Een echte Britse gentleman kan natuurlijk niet zonder.
Onderweg maken de Browns bijzondere nieuwe vrienden en vijanden. Zowel bij de bekende als de nieuwe castleden spat het spelplezier van het scherm. Antonio Banderas speelt de dubieuze rivierbootkapitein Hunter Cabot als een soort kindvriendelijke 'El Mariachi' in gewetensnood. Olivia Colman steelt de show als moeder-overste. In haar blauwe habijt als leider van een klooster vol zingende nonnen is een Sound of Music-referentie natuurlijk nooit ver weg. Regisseur Dougal Wilson laat Colman dan ook heerlijk over de top uitpakken in de Peruaanse bergen.
De regisseur, die met deze film zijn bioscoopdebuut maakt, laat vaker zien dat hij zijn klassiekers kent. De meer ervaren filmkijkers kunnen hem betrappen op knipoogjes naar onder andere Indiana Jones en Fitzcarraldo. Met oog op de kleinere filmkijker ziet het Peru van Paddington eruit alsof het zo uit de speelgoedkist komt, met felle kleuren en niet bestaande jungleplanten. Op het huisje van Tante Lucy prijkt de naam 'Aunt Lucy', net als dat oma's voor kinderen vaak gewoon Oma heten. Paddington in Peru is net als de andere films over de Britse beer, dan ook echt een film voor het hele gezin.